Empat tahun berlatih bersama Jiraiya di luar Konoha, tiba-tiba tersiar kabar Jiraiya sudah mati 4 tahun lalu, sejak baru keluar dari Konoha. Keadaan Naruto tak diketahui siapapun, kecuali Jiraiya yang telah wafat. Tsunade berniat mengerahkan shinobi Konoha untuk mencari jejak Naruto. Namun, malah Naruto datang sendiri ke Konoha. Kembalinya ia tak sendiri, ia bersama rombongan tim penyelamat Gaara. Naruto kembali muncul dengan identitas baru, bukan sebagai Shinobi lemah dan ceroboh lagi. Kini ia memimpin klan Uzumaki baru dan menyandang gelar Sandaime Hokage. Naruto memiliki tekad membawa Uzugakure kembali ke posisi kejayaan, sama seperti puluhan tahun lalu. Dengan kekuatan baru, teknologi mutakhir, pasukan siap tempur, Uzugakure siap mengukir sejarah baru di Dunia Shinobi. Kebangkitan Uzugakure tak berjalan mulus. Kelima desa besar menentang ambisi Uzugakure. Mereka berusaha mengubur Uzugakure lagi. Tak hanya itu, klan kuno Shinobi juga mengincar Uzugakure. Mereka menjadi duri terbesar kebangkitan Uzugakure. Akankah Naruto mampu membawa Uzugakure naik ke tangga kejayaan? Ataukah sejara kehancuran Uzugakure akan terulang kembali?