pada tanggal 1 Oktober 1965, anggota Tjakrabirawa, yang menyebut diri mereka adalah Gerakan 30 September, mendatangi rumah Haryono di Jalan Prambanan No 8. Istrinya terbangun oleh sekelompok orang yang mengatakan bahwa suaminya telah dipanggil oleh Presiden Sukarno. Mrs Haryono kembali ke kamar tidur mengunci pintu di belakangnya dan mengatakan suaminya apa yang terjadi. Dia mengatakan kepadanya untuk tidak pergi dan memberitahu para pasukan untuk kembali pada pukul 8:00. Namun, Haryono curiga dan mematikan lampu memberitahu istrinya untuk pindah bersama anak-anak mereka ke kamar sebelah. Tjakrabirawa kemudian melepaskan tembakan melalui pintu kamar tidur terkunci dan Haryono melompat ke lantai. Ia bersembunyi untuk menunggu penyerang pertama yang masuk ke kamar tidur membawa kertas pembakaran untuk cahaya. Haryono mencoba untuk merebut senjata prajurit, namun gagal dan berlari keluar dari pintu dalam kebingungan. Dia ditembak mati oleh ledakan dari senjata, diseret melalui kebun, dan tubuhnya dibawa ke salah satu truk yang menunggu. Tubuhnya dimasukkan ke dalam truk dan dibawa ke Lubang Buaya, markas pemberontak di selatan pinggiran Jakarta, Jenazahnya disembunyikan di sumur bekas bersama dengan mayat para jenderal dibunuh lainnya.
Seluruh mayat ditemukan pada 4 Oktober dan para jenderal diberi pemakaman kenegaraan. Haryono dimakamkan dengan rekan-rekannya di Taman Makam Pahlawan di Kalibata pada tanggal 5 Oktober. Pada hari yang sama, atas perintah Presiden Soekarno, ia secara anumerta dipromosikan dan menjadi Pahlawan Revolusi.